A história desta Autarquia confunde-se com a do porto de Porto Alegre, que começou a operar em 1916, embora tenha sido oficialmente inaugurado em 1º de agosto de 1921, com administração própria, subordinada à Secretaria da Fazenda.

Em 1951, face a importância que passou a adquirir o complexo hidroportuário riograndense, o Governo do Estado do Rio Grande do Sul, editou a Lei Estadual nº 1561, de 1º de outubro de 1951, criando o Departamento Estadual de Portos, Rios e Canais - DEPRC, Autarquia estadual responsável pela administração e exploração dos portos de Porto Alegre, Pelotas e Rio Grande e manutenção das hidrovias navegáveis integrantes da Bacia do Sudeste.

Em agosto de 1994 expirou o prazo do Contrato de Concessão Portuária do Estado, sendo prorrogado até 31 de março de 1997, possibilitando os ajustes impostos pela Lei Federal nº 8.630, de 25 de fevereiro de 1993, Lei de Modernização dos Portos Brasileiros.

De acordo com o Convênio 001-PORTOS/97, é delegado ao Estado do Rio Grande do Sul, por mais 50 anos, a administração e exploração dos portos de Porto Alegre, Pelotas , Rio Grande e Cachoeira do Sul.

Com a Lei Estadual nº 10.723, de 18 de janeiro de 1996, o DEPRC foi reestruturado e o porto de Rio Grande foi desvinculado de sua estrutura.
Através da Lei Estadual nº 11.089, de 22 de janeiro de 1998, foi alterada a denominação do Departamento Estadual de Portos , Rios e Canais-DEPRC para Superintendência de Portos e Hidrovias-SPH.